一般情況下，認(rèn)證審核分兩個階段進(jìn)行，只有特小型組織，可不進(jìn)行第一階段審核而直接進(jìn)行第二階段審核，在這里我們只對一般情況進(jìn)行探討。

　　第一階段的審核組長應(yīng)首先對組織的一半管理體系文件進(jìn)行審核，審查的內(nèi)容包括手冊、程序文件，以確定組織是否具備了接受審核的條件。

　　第一階段審核主要有三個目的：
　　1、確定第二階段審核的可行性和條件；
　　2、確定第二階段審核的重點(diǎn)和方法；
　　3、確認(rèn)審核范圍；
　　4、確定第二階段的審核時間。

　　第二階段審核主要目的：
　　1、驗(yàn)證組織是否已實(shí)施了其環(huán)境方針、目標(biāo)、指標(biāo)并遵守了相應(yīng)的程序；
　　2、組織的EMS是否符合標(biāo)準(zhǔn)要求，并能夠?qū)崿F(xiàn)組織的環(huán)境方針和目標(biāo)。

　　第一階段審核的內(nèi)容：
　　1、了解組織的基本情況，如組織機(jī)構(gòu)、產(chǎn)品、活動和服務(wù)的特點(diǎn)，過程及方式，現(xiàn)場分布情況，重要環(huán)境崗位情況；
　　2、 結(jié)合現(xiàn)場情況對有關(guān)體系文件進(jìn)行補(bǔ)充審核；
　　3、 通過收集有關(guān)環(huán)境方針、目標(biāo)、指標(biāo)、管理方案及環(huán)境因素、相關(guān)的法律法規(guī)的情況，判斷其體系策劃的合理性；
　　4、 收集并評審組織的內(nèi)審信息，確認(rèn)組織內(nèi)審的可信度；
　　5、 對組織別及評價環(huán)境因素程序進(jìn)行評價；
　　6、 對組織收集的法律法規(guī)的情況進(jìn)行評價；
　　7、 冥管理評審記錄，證實(shí)管理評審已完成；
　　8、 組織對盯關(guān)方建立了聯(lián)絡(luò)渠道及形成文件；
　　9、 了解法規(guī)的遵守情況（是否在近期受到過行政處罰）。
　　第一階段的審核重點(diǎn)在于組織環(huán)境管理體系策劃的合理性和有效性以及自我完善和保障機(jī)制是否已經(jīng)建立。

　　第二階段審核的內(nèi)容：第二階段審核作為認(rèn)證審核的重點(diǎn)，要對全部要素進(jìn)行充分性、有效性和適宜性的全面審核。
　　1、各級管理者（包括重要環(huán)境崗位）在環(huán)境管理體系中的職責(zé)是否已落實(shí)，并具備履行職責(zé)的能力；
　　2、環(huán)境因素識別、評價、更新程序是否已實(shí)施，是否有重要環(huán)境因素遺漏；
　　3、目標(biāo)、指標(biāo)、方案的實(shí)施情況；
　　4、多個管理程序?qū)嵤┣闆r；
　　5、多項(xiàng)運(yùn)行程序的實(shí)施及重要環(huán)境因素的控制；
　　6、監(jiān)測及內(nèi)審程序的實(shí)施情況、管理評審的有效性；
　　7、實(shí)施EMS的環(huán)境績效。

　　 兩個階段審核作為一個完整的認(rèn)證審核，應(yīng)確保覆蓋組織所有的部門、場所和環(huán)境管理活動，第一階段應(yīng)覆蓋組織的主職部門和主要經(jīng)營場所或現(xiàn)場，第二階段審核應(yīng)覆蓋組織所有的部門和經(jīng)營場所，對于多現(xiàn)場情況，可以在同樣條件下，進(jìn)行抽樣，但對生產(chǎn)不同產(chǎn)品或處于不同階段的現(xiàn)場，不能抽樣。

　　第一階段審核應(yīng)出具現(xiàn)場審核報告，但不作現(xiàn)場結(jié)論，報千內(nèi)容應(yīng)包括：
　　1、 文件的合理性；
　　2、 法規(guī)的遵守情況；
　　3、 環(huán)境因素褒別和評價情況；
　　4、 內(nèi)審的可信程度；
　　5、 管理評審的效果；
　　6、 組織的主要現(xiàn)場；
　　7、 第二階段審核時注意的主要問題；
　　8、 第二階段審核的時間建議等。
　　現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的問題以《不符合事實(shí)匯總表》形式交組織進(jìn)行整改。

　　第二階段審核應(yīng)出具審核報告，報告應(yīng)對組織環(huán)境管理體系的符合性、有效性、充分性做出評價，并宣布現(xiàn)場審核推薦結(jié)論，審核結(jié)論由審核組討論由審核組討論后，由組長做出，現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的問題以不符合報告形式提出，要求組織整改，由組長確認(rèn)后，交中心。